Natural Science adalah pembelajaran intra kurikuler di SMA Katolik Frateran Surabaya kelas khusus peminatan MIPA untuk mempersiapkan peserta didik secara sistimatis dan terstruktur menguasai materi pembelajaran yang kontekstual.Natural Science adalah sebuah pembelajaran integrasi kurikulum SMA dengan pengajaran oleh dosen dari perguruan tinggi kerjasama Universitas Widya Mandala Surabaya.

Mata pelajaran yang diajar oleh dosen meliputi mata pelajaran peminatan MIPA yaitu Biologi, Fisika, Kimia dan Matematika.Pengajaran oleh dosen perguruan tinggi disesuaikan dengan materi SMA yang bertujuan untuk mengembangkan pengetahuan siswa kelas Natural Science secara lebih mendalam baik konseptual, praktik maupun implemantasinya.Selain pengajaran oleh dosen, siswa diajak untuk melakukan praktikum di laboratorium perguruan tinggi yang tentunya lebih lengkap dan memadai dibandingkan laboratorium SMA.