Nama sekolah ini menunjukkan bahwa lokasi berdirinya di lokasi para Frater. Dan memang demikianlah kenyataannya, bahkan pendirinya adalah Frater, dan pengelola sekolah ini adalah para Frater Bunda Hati Kudus (BHK), dengan bagian persekolahannya, yaitu Yayasan Mardi Wiyata.

Dalam perbincangan antara pimpinan tertinggi (Vikarius) para Frater BHK dengan Frater R.A. Dwijowasito (Frater Adolfus) terlontar kata, apakah Frater mampu membuka dan memimpin sebuah SMA baru.

Waktu 3 Agustus 1963 mulai dibuka pendaftaran dan mendaftarlah 13 siswa. Pada saat resmi didirikan 13 Agustus 1963 jumlah siswa menjadi 33 siswa, sedangkan pada saat ujian penghabisan (EBTANAS) tahun 1966, jumlah siswa menjadi 41 siswa, yang lulus 39 siswa. Sejak berdirinya sampai April 1967 mendompleng di gedung lama SMPK AC dan masuk siang. Selanjutnya setelah gedungnya berdiri, sekolah berubah masuk pagi.

Dengan dijiwai semangat pendirinya yaitu kongregasi Bunda Hati Kudus untuk mewujudkan cinta kasih kepada Allah dengan pelayanan kepada sesama khususnya kawula muda, maka sekolah asuhan Frater ini, bersama dewan guru dan karyawannya, berusaha dengan giat untuk menempatkan kedudukan SMAK Frateran pada tempat yang layak dalam percaturan dunia pendidikan di Surabaya khususnya dan pembangunan manusia Indonesia pada umumnya. Untuk itulah sealalu diadakan pembenahan sejak awal sekali, baik yang menyangkut sarana maupun prasarana. Sehingga akhirnya pembangunan gedung terselesaikan dan ditempati sejak April 1967, disusul pembangunan aula yang mulai digunakan pada tahun 1969.